La differenza chiave tra la PCR di consenso e la Pan PCR è che la PCR di consenso mira sempre alle regioni conservate mentre la Pan PCR mira alle regioni variabili per identificare i diversi ceppi di un gruppo
La reazione a catena della polimerasi (PCR) è una tecnica di amplificazione genica che consiste in tre fasi principali: denaturazione, ricottura ed estensione. È ampiamente utilizzata nella diagnostica e nell’identificazione molecolare. Le tecniche PCR di consenso e Pan PCR si basano sui bersagli dei primer che ogni tipo di PCR utilizza.
Cos’è la PCR di consenso?
La PCR di consenso è una tecnica di PCR che mira a una regione conservata per una particolare specie o genere. Pertanto, le regioni altamente conservate sono scelte per l’amplificazione. Attraverso questo metodo, gli organismi possono essere identificati e distinti in base al loro consenso. Questo metodo identifica una regione conservata per una specie particolare. Per esempio, la regione 16s rRNA dei batteri rimane una regione conservata tra i batteri. Pertanto, solo un set di primer è richiesto per l’amplificazione. Nella maggior parte dei casi, un primer universale specifico può essere usato per la regione conservata.
Seguendo un metodo PCR di consenso, la caratterizzazione delle specie e le relazioni evolutive possono essere dedotte. Sulla base dell’efficienza di amplificazione del particolare organismo campione, si può anche dedurre il consenso dell’organismo verso il gruppo. Inoltre, condurre una PCR di consenso è vitale negli studi filogenetici. Permette l’identificazione di una specie e interpreta la deviazione che il particolare organismo ha mostrato in termini di antenato comune.
Cos’è la Pan PCR?
Una Pan PCR è una modalità multiplexing di PCR. In questa tecnica, ceppi diversi vengono amplificati utilizzando vari primer target. I bersagli, tuttavia, possono essere bersagli comuni ai gruppi di ceppi. Così, nella Pan PCR, più di due set di primer possono essere utilizzati in una sola volta. Può avvenire in un metodo di reazione a tubo singolo o in un metodo di reazione a più tubi. La Pan PCR richiede più tempo ed è più complessa rispetto alla PCR di consenso. Per questo motivo, anche l’interpretazione dei risultati della PCR può essere più complessa nella Pan PCR.
L’applicazione principale della Pan PCR è nella diagnostica molecolare. Permette di distinguere tra diversi ceppi di una specie attraverso l’amplificazione del target. La Pan PCR è una tecnica ideale per identificare diversi ceppi di una singola specie che causa una malattia. Nella maggior parte dei casi, l’automazione delle tecniche Pan PCR per varie condizioni di salute è molto importante ed è una tecnica affidabile e altamente efficiente.
Quali sono le somiglianze tra la PCR di consenso e la Pan PCR?
* La PCR di consenso e la Pan PCR sono due tipi di tecniche PCR.
* Entrambe le procedure seguono la procedura generale a tre fasi di denaturazione, ricottura ed estensione.
* Usano primer che sono specifici per il bersaglio.
* Entrambe le reazioni avvengono in un termociclatore.
* Queste reazioni possono essere automatizzate.
* Entrambe possono essere utilizzate nella diagnostica molecolare e nell’identificazione; tuttavia, la precisione varia.
* Queste procedure richiedono una convalida.
Qual è la differenza tra la PCR di consenso e la Pan PCR?
Sia la PCR di consenso che la Pan PCR seguono la stessa procedura di routine. Tuttavia, la differenza chiave tra la PCR di consenso e la Pan PCR si basa sui bersagli dei primer che ciascuna procedura utilizza. Mentre la PCR di consenso mira sempre alle regioni conservate, la Pan PCR mira alle regioni variabili per identificare i diversi ceppi di un gruppo. A causa di questa differenza, i protocolli di progettazione dei primer, il numero di set di primer utilizzati e le applicazioni specifiche variano.
La seguente infografica riassume la differenza tra la PCR di consenso e la Pan PCR.
Riassunto – PCR di consenso vs Pan PCR
La PCR, introdotta da Mulli, gioca un ruolo importante e rivoluzionario nelle applicazioni di biologia molecolare. Consensus e Pan PCR sono due tipi di PCR basati sulle regioni bersaglio dei loro primer. Mentre la PCR di consenso mira alle regioni conservate, la Pan PCR mira alle regioni variabili e gioca un ruolo importante nell’identificazione del ceppo. A causa di questa differenza fondamentale tra PCR di consenso e Pan PCR, le funzioni specifiche di ogni tipo di PCR variano anche dall’analisi filogenetica alla caratterizzazione molecolare alla diagnostica molecolare.